Des outils préhistoriques en silex et des vestiges gallo-romains montrent une occupation très ancienne de la commune.                       Une première mention écrite sous la forme Hémery ou Emery apparaît dès la fin du XIIe siècle.  Cette orthographe subsiste jusqu'au Premier Empire, période à laquelle on ajoute un suffixe, ville. On note une famille d'Emery dès le XIIIe siècle.  Au XVIe siècle la seigneurie échoit à la famille de Thou, avec en particulier Christophe, président au Parlement de Paris, prévôt des marchands de la capitale et son fils Jacques Auguste, conseiller d'Henri IV et l'un des rédacteurs de l'Edit de Nantes. Michel Particelli, surintendant des Finances devient seigneur des lieux au XVIIe siècle. Viennent ensuite les familles  Le Camus, Polignac. Bien d'émigrés, le domaine et son château sont vendus au comte Alexandre de la Rochefoucauld, premier préfet de Seine-et-Marne.   Au début du XIXe siècle le château est détruit. Malnoue, hameau dépendant d'Emerainville a possédé, dès le XIIe siècle une abbaye de bénédictines appelée Footel puis le Bois-aux-Dames et enfin Notre-Dame-de-Malnoue.  L'emplacement de l'abbaye est marqué par un château, construit au XIXe siècle pour le chirurgien Auguste Nélaton. L'église actuelle, dédiée à saint Eloi, date de la fin du XIXe siècle.  Quelques célébrités sont à signaler : l'abbesse Marie Eléonore de Rohan, Jeanne Nicole Racine fille du poète, la famille Montesquiou…